Salah satu aspek penting dalam pengelolaan kawasan konservasi perairan, pesisir, dan pulau-pulau kecil yakni pendanaan. Aspek pendanaan ini telah diatur dan diulas dalam pedoman teknis E-KKP3K yang ditetapkan melalui Keputusan Direktur Jenderal KP3K tentang Pedoman Teknis Evaluasi Efektivitas Pengelolaan Kawasan Konservasi Perairan, Pesisir, dan Pulau-Pulau Kecil. Panduan penyusunan ini merupakan bagian dari seri panduan suplemen E-KKP3K yang terdiri atas; Panduan Identifikasi, Panduan Rencana Pengelolaan dan Zonasi, Panduan Kelembagaan, Panduan Sarana dan Prasarana, Panduan Pendanaan, Panduan Penetapan, Panduan Penataan Batas; Panduan Monitoring Biofisik (Sumberdaya Kawasan); dan Panduan Monitoring Sosial Budaya dan Ekonomi.